 Pour prendre du goût, le Comté prend son temps. C’est dans le silence et la pénombre de la cave que le Comté va vivre sa seconde transformation et fera l’objet de soins attentifs favorisant le développement organoleptique qui s’opère naturellement au fil des mois. Affiner, c’est savoir amener un fromage à maturité. Affiner est un métier qui requiert une grande patience : de long mois sont nécessaires pour faire d’un fromage en blanc un produit riche en goûts et en saveurs.
Les fromages caillés pressés qui arrivent chez les affineurs âgés de trois semaines à un mois ne sont pas encore des Comté AOP, et ne le deviendront qu’après l’accomplissement de leur travail… Ils connaissent l'origine exacte de chaque Comté, le fromager qui l'a travaillé, les éleveurs qui ont apporté leur lait de leurs généreuses Montbéliardes, les villages qui abritent chacune des fermes et des fruitières. Grâce à cette méthode, ils peuvent sélectionner les meilleures origines, les meilleurs potentiels sensoriels et, de ce fait, les meilleurs Comté. Cette assurance apportée, l’affinage, leur véritable métier, peut commencer.
 En fonction des qualités du fromage et du but recherché, l’affineur peut utiliser successivement différents types de caves : des «caves chaudes» (de 14 à 19°C) et des «caves froides» (moins de 14°C), mais toutes ayant une hygrométrie constante supérieure à 90%.
Le passage en «cave chaude» favorise la formation des yeux (trous) et de certains types d’arômes. En «cave froide», la transformation du fromage est plus lente et les arômes développés différents.
Lors des 3 phases successives qui constituent le métier d’affineur (pré-affinage, affinage et maturation), les meules, placées sur des planches d’épicéa imposées par le cahier des charges de l’AOP, bénéficient des soins quotidiens des chefs de cave et de leurs équipes : salage, frottage avec une solution de saumure appelée «morge», brossage, retournements, contrôle de l'ouverture et de la maturation. Grâce à ces soins, la croûte se forme, la texture de la pâte initialement granuleuse et élastique devient fine et souple.
 Les chefs de cave mobilisent en permanence leurs cinq sens, et font varier les paramètres d’affinage en fonction des observations qu’ils recueillent chaque jour dans les meules. L’affinage est de fait un assemblage de dizaines de détails et de savoirs, accumulés au fil des décennies. C’est un ensemble de sensations et d’observations, la connaissance des caves et la maîtrise des phénomènes biologiques complexes qui influent sur le comportement des Comté dans chacune d’entre elles. Car les ferments du lait cru, toujours présents dans le fromage, influencent son évolution. En fonction de la qualité du lait de départ, on obtiendra donc des fromages différents, même en les affinant exactement de la même façon.
Grâce à un examen visuel, les maîtres affineurs apprécient ainsi l’évolution de la texture de la croûte ainsi que son aspect. C’est aussi en faisant « sonner la meule » avec leurs sondes qu’ils contrôlent le caractère massif de la pâte. Avec un seul échantillon prélevé, ils apprennent tout d’une meule : l’évolution de la couleur de la pâte, de sa texture, de ses arômes, et bien évidemment le développement de ses goûts… Autant de processus maîtrisés qui permettent de révéler le potentiel des fromages et d’accompagner leur maturation.
Le goût, évoquant le petit lait au moment du démoulage, s’enrichit progressivement. Au terme de ce séjour en cave (de 4 mois minimum jusqu’à 18, voire 24 mois), chaque Comté aura acquis une «personnalité» qui se traduira par une texture, une couleur et une palette aromatique unique. Les meules de Comté destinées aux amateurs de douceur et de saveurs fraiches et vertes séjourneront dans les caves 4 ou 6 mois, d’autres patienteront plus longtemps dans la pénombre et la fraîcheur, le temps pour elles de grandir en intensité et en diversité gustative... Durant toute cette évolution, Les chefs de cave procèdent à une surveillance constante des meules avant leur commercialisation, pour finalement leur accorder ou non l'Appellation d'Origine Protégée et graduer leur qualité, sous contrôle de l’Interprofession évidemment.
Le Massif du Jura compte 11 maisons d’affinage spécialisées : chacune, selon son site, son ambiance de cave et son tour de main, apporte au Comté une méthode d’affinage qui lui est propre et adaptée au fromage qui lui a été livré.
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