 Au cours des dernières décennies, le Comté a su adopter les techniques modernes qui facilitent le travail des hommes et optimisent la qualité, tout en gardant un tissu de pratiques ancestrales garantissant le caractère traditionnel et authentique du produit. Chaque étape est soumise à des règles strictes consignées dans le cahier des charges de l’AOP.
Tout d’abord, le lait du Comté est produit dans 3 000 exploitations familiales qui pratiquent une agriculture extensive, c’est à dire une agriculture qui ne vise pas les rendements les plus élevés mais qui cherche au contraire une production de qualité, tenant compte des particularités des sols et préservant la diversité floristique. La production annuelle moyenne de chaque exploitation en lait à Comté s’élève à environ 210 000 litres. L’agriculteur élève des vaches de race Montbéliarde (95% du cheptel) ou Simmental française (5%), les nourrit avec une alimentation naturelle à base d’herbe fraîche à la belle saison et de foin en hiver. Tout aliment fermenté, type ensilage, est interdit car il est néfaste à la qualité du lait utilisé à l’état cru.
Les sols et la flore du Massif jurassien étant très diversifiées, les vaches, selon l’endroit où elles broûtent, transmettent au lait et donc au Comté l’expression toute aussi diversifiée des terroirs de l’AOP.  Pour produire le fourrage nécessaire à l’alimentation de son troupeau, chaque agriculteur doit exploiter au minimum un hectare de surface fourragère par vache laitière. Il trait ses vaches matin et soir. Le lait doit être porté chaque jour à la fruitière. Pour exprimer au mieux la diversité des terroirs, la zone de collecte de chaque fruitière est limitée à un cercle de 25 km de diamètre.
Zoom sur la Montbéliarde...
La race Montbéliarde représente 95% du cheptel en Filière Comté. Le cahier des charges autorise aussi la race Simmental française (5% du cheptel). > 1 vache pèse de 650 à 800 kg et vit en moyenne 6 ans, mais peut produire du lait jusqu’à l’âge de 20 ans.
> 1 troupeau comprend en moyenne 33 vaches laitières, ce qui représente 100 000 vaches environ sur la zone AOP.
> Pour 1 troupeau de 35 vaches, une ferme exploite environ 45 ha de manière à nourrir aussi 35 génisses pour le bon roulement du troupeau.  Alimentation
> Ration quotidienne en été (la vache est à l’herbage 7 à 9 mois dans l’année en fonction de l’altitude) = 60 à 70 kg d’herbe + 2 à 3 kg d’aliments énergétiques à base de céréales + 75 litres d’eau + 100 gr minéraux (phosphore, calcium, vitamine A) + bloc de sel.
> Ration quotidienne en hiver = 15 kg de foin + 5 kg d’aliments énergétiques à base de céréales + 50 litres d’eau + 100 gr de minéraux (phosphore, calcium, vitamine A) + bloc de sel.
L’utilisation des compléments permet d’équilibrer l’alimentation des vaches.
> L’herbe, et plus encore le foin, sont riches en cellulose, les céréales (orge, maïs…) en amidon et les tourteaux (soja, tournesol, lin, colza…) en protéines.
Le fourrage (foin + regain) est récolté sur l’exploitation, 1 ha donnant 5 T de foin et 3 T de regain. L’utilisation des aliments énergétiques permet d’équilibrer l’alimentation des vaches. 2/3 des éleveurs produisent des céréales, elles peuvent être utilisées sous forme de farines ou de granulés.
Lactation
> Une vache commence à vêler vers 2 ans 1/2 - 3 ans, en général à l’automne ; elle fera ensuite 1 veau tous les ans. Après le vêlage, le lait est donné pendant 8 jours au veau qui sera ensuite nourri à la poudre de lait pendant 2 mois.
> Une vache donne environ 20 litres de lait pendant 305 jours de l’année. | 
