Le Centre Technique des Fromages Comtois travaille sur le projet Microbiolait, dont le CIGC est partenaire. Dans un contexte de diminution des flores microbiennes du lait cru et de changement climatique, ce programme cherche à faire le lien entre les pratiques (agricoles, fromagères et d’affinage)et la diversité sensorielle des Comté.
Techniciens et fromagers le constatent : la quantité des flores microbiennes lactiques présentes dans le lait cru ne cesse de diminuer. Le dérèglement climatique provoque lui aussi des déséquilibres chimiques : la qualité des caséines,des matières grasses, le rapport entre taux butyreux et taux protéique s’en trouvent chamboulés. « Les fromagers corrigent avec leur savoir-faire, mais éleveurs, fromagers et affineurs ont besoin d’expliquer certains phénomènes : des indicateurs bougent et on ne sait pas pourquoi », explique Éric Notz, responsable du projet Microbiolait au Centre Technique des Fromages Comtois (CTFC).
Le lait est toujours blanc, quoiqu’il en soit. Que contient-il ? Les éleveurs, fromagers et affineurs ont besoin de mieux comprendre le sens porté par leurs pratiques.
Eric Notz, responsable projet Microbiolait
C’est dans ce cadre qu’est né Microbiolait, un programme de recherche appliqué qui a débuté en novembre 2025 pour une durée de 33 mois. Il vise à créer un observatoire des données chimiques et microbiologiques des laits, des levains et des fromages, puis d’identifier des liens avec les pratiques en élevage, en fromagerie et en affinage. Le but ? Reconnaitre les bonnes pratiques associées à la qualité sensorielle finale du Comté, et pouvoir agir en amont.
7 affineurs et 17 fromageries étudiés
Pour créer cet observatoire, les porteurs de projet se sont appuyés sur sept affineurs et dix-sept fromageries, choisies en fonction de la diversité sensorielle de leurs fromages.
Actuellement et jusqu’au printemps 2027, les techniciens mettent en commun toutes les analyses déjà effectuées en routine dans ces coopératives entre 2023 et 2025. « Les analyses sur les laits de fermes et de fromageries, les levains, les fromages en fin de fabrication (dits « à 20h »), les fromages en gradage durant l’affinage, les fromages suivis en auto-contrôle et soumis à l’analyse sensorielle … Toutes ces données sont rassemblées pour identifier des corrélations et voir quels critères concourent à la qualité finale des Comté », explique Éric Notz.
Dans le même temps, de nouvelles analyses sont réalisées sur les laits de fromagerie (Moyen Infra Rouge) et sur des Comté affinés (biodiversité microbienne par métagénomique) afin de les traiter statistiquement.
Ensuite, six fromageries seront choisies parmi les dix-sept pour zoomer sur les caractéristiques microbiologiques et chimiques des laits, levains et fromages durant plusieurs mois de fabrication. « On ira de la fourche à la fourchette sur les analyses des flux microbiens et chimiques, avec un suivi de la filiation entre les laits des producteurs du jour de fabrication, le lait de cuve et les fromages fabriqués, qui seront suivis durant l’affinage », précise Éric Notz. Une manière d’affiner encore les liens entre les indicateurs décelés et d’en vérifier la pertinence.
Des enseignements pour les fromagers,les conseillers et la filière
Ces données serviront à l’élaboration de traceurs analytiques aidant les éleveurs, fromagers et affineurs à mieux maîtriser les laits et les levains. Elles seront par ailleurs réunies dans un outil digital unique d’archivage et de consultation, qui permettra de proposer une démarche de conseil en élevage et en fromagerie décloisonnée. L’intérêt étant d’identifier précocement d’éventuelles mauvaises pratiques, qui menaceraient la qualité et la diversité sensorielle du Comté. Enfin, pour la filière Comté, cet observatoire permettra de mieux argumenter les éventuelles modifications du cahier des charges.
le CTFC et les coopératives partenaires.Ici à Arvière-en-Valromey le 9 juillet.
Avant Microbiolait, il y avait FROM’MIR et Observalait
Microbiolait est un projet issu de démarches scientifiques antérieures : les programmes de recherches FROM’MIR(2014-2018) et Observalait (2018-2020) avaient permis, grâce aux méthodes d’analyse du lait par moyen infrarouge, d’étudier plus en profondeur la chimie fine du lait vache par vache, du lait de troupeau et du lait de cuve.Ces études ont permis de mettre au point les équations d’estimation de la chimie du lait de la race montbéliarde(taux de caséine et de protéine sérique) et ses critères de fromageabilité (coagulation, aptitude à l’égouttage ou rendement extrait sec). Ces indicateurs, importants pour mieux comprendre les variations de production, le sont aussi pour élaborer de nouveaux critères pour la sélection génétique notamment. Avec Microbiolait, on inverse la lecture en s’intéressant plus précisément à la qualité des fromages, à ses liens avec les caractéristiques fines du lait et avec les pratiques des fromagers !
Témoignages d’acteurs du programme
Bertrand Henriot, directeur de production à Juraflore
L’ hygiénisation imposée a conduit les éleveurs et les fromagers à modifier les pratiques, faisant perdre une partie de la flore microbienne du lait. Selon moi, conserver le lait cru et s’assurer de la sécurité sanitaire de nos fabrications ne sont pas deux éléments opposables, au contraire ! Préserver un lait cru de bonne qualité, c’est l’occuper avec une flore lactique saine et ne laisser ainsi aucune place à la flore pathogène. Microbiolait nous intéresse parce qu’il va identifier les pratiques d’élevage aptes à conserver et restaurer cette flore dans les fermes d’abord, puis dans le lait.
Vincent Faivre, fromager aux Fins
C’est un bon objectif de comprendre ce qu’il y a dans le lait, dans les levains et les fromages. Le lait est une matière vivante si insaisissable, pleine de bactéries invisibles à l’œil nu ! Comme nous affinons nous-mêmes une partie de nos Comté, le CTFC est curieux, à des fins de recherche, de comparer les fromages affinés chez nous et ceux qui le sont chez Rivoire, notre affineur principal. Les techniciens aimeraient aussi savoir pour quelles raisons nos fromages vont bien. Mon idée, c’est que le grand nombre de fermes de taille moyenne de notre coop – 32 fermes produisant 7 millions de litres annuels (entre 250 000 et 300 000 litres chacune) – n’est pas étranger à la bonne fromageabilité de notre lait. Les altitudes variées non plus, de 700 à 1 200 m. Nous verrons bien ce qu’ils trouvent ! »